Outra consulta pública aberta em 16 de maio de 2025 tem por objeto portaria que definirá regras de exploração da infraestrutura ferroviária administrada pela Infra S.A. As normas submetidas à consulta pública tratam das fases de estudos, estruturação, celebração e gestão dos contratos tendo por objeto a exploração da infraestrutura. As diretrizes apontam, entre outras prioridades, as seguintes:

- solucionar gargalos logísticos, a partir de investimentos obrigatórios e adoção de tecnologias de mobilidade;
- padronizar contratos;
- estabelecer mecanismos para sustentabilidade econômica (como prazo preferencial de trinta anos para os contratos) e ambiental;
- definir soluções adequadas para prevenir interrupções e ineficiências, inclusive mediante prorrogação de contratos em curso.
A consulta permanece aberta a contribuições até 15 de junho de 2025.